Mohamed Elneny bắt đầu sự nghiệp ở lò đào tạo trẻ của Al Ahly, một trong những đội bóng nổi tiếng nhất ở Ai Cập. Nhưng do không để lại nhiều dấu ấn, tiền vệ này phải chuyển sang El Mokawloon. Tại đây, Elneny nhanh chóng được chuyển lên đội 1 cùng Mohamed Salah, người mà anh luôn coi là “anh trai”.

Vào năm 2012, Basel chiêu mộ Salah. 6 tháng sau đó, Basel lấy nốt Elneny theo bản HĐ cho mượn. Vào mùa hè năm 2013, đội bóng Thụy Sĩ mua đứt Elneny.

Basel

Mặc dù còn khá trẻ ở thời điểm đó song Elneny đã gây ấn tượng mạnh ở Basel và dần trở thành quân bài quan trọng ở tuyến giữa của đội bóng này. Trong 68 trận đấu của Basel ở mùa giải trước, Elneny tham dự 55 trận. Mùa này, tiền vệ người Ai Cập thi đấu 28 trận và đã có 6 bàn thắng trên mọi đấu trường.

Trong khoảng thời gian khoác áo Basel, Elneny đã từng chạm trán 3 đội bóng Anh ở cúp châu Âu là Chelsea, Liverpool và Tottenham. Kết quả, anh gây ấn tượng mạnh ở tuyến giữa, giúp Basel hạ cả ba đại diện đảo quốc Sương mù.